Други важни резултати от разкопките са пряко свързани с проблемите за изяснява плана на манастирския комплекс Великата лавра и архитектурата на неговите сгради и съоръжения; западно крило, западна оградна стена, южно крило, южно разширение на източи то крило, т.нар. „крипта" и параклиса в проучените сектори (обр. I-1, 2, 3; обр.II-6, 7, 9). Всичко това, наред със стратиграфски наблюдения, позволи да изградим относителна хронология за строителството на различни манастирски сгради.  От значение се оказват водите по отношение на възможностите за лостно очертаване на границите на манастирския комплекс, вътрешните и външни комуникации и функционалните връзки на църквата отделните манастирски крила и дворове, как и мястото на Великата лавра в общата градоустройствена структура на столицата.
ЗАПАДНО КРИЛО. Неговите основи са фундирани в настилката на обходната улица и върху полуразрушената ранновизантийска крепостна стена. Входът на най-южното помещение на крилото се намира на едно и също ниво със северния вход на екзонартекс
Обр.V. Периодизация и строителни етапи на църквата „ Св. 40 мъченици ".
1. Први период, първи етап 2. Втори период, първи етап. 3. Втори период, втори етап. 4.  Трети период, първи етап.
5. Трети период, втори етап.  6.  Трети период,  трети етап.  7.  Четвърти период
Насипването на терена при строежа на западната пристройка и втората северна галерия е довело до повдигането на прага на това помещение (обр.  II  -  8).
ЗАПАДНА ОГРАДНА СТЕНА. Два сектора от нея са запазени северно и южно от западната пристройка, Стената е изградена върху останките от ранновизантийската крепостна стена и точно следва нейното трасе.  Към оградната стена са били долепени западната стена на екзонартекса,  цялото западно и южно крило и криптата.  При строежа на западната пристройка прилежащият сектор от оградната стена е бил включен в новоизградената фасада (обр.  II  -  6).
   ЮЖНО КРИЛО.  Установихме съществуването на подпорна стена,  конструктивно свързана със северозападния ъгъл на южното крило и югоизточния ъгъл на екзонартекса,  която е терасирала терена в този участък (обр.  II  -  9,  10).  При строежа на западната пристройка и втората южна галерия този терен е повдигнат чрез насипване,  при което ненужната вече подпорна стена е била отчасти демонтирана.
   ИЗТОЧНО КРИЛО.  При разкопките и тази част на обекта (обр.  II - 7) открихме гробове с № 85',  96',  97',  98',  99',  100',  лежащи непосредствено пред западната фасада на крилото,  на дълбочина до 1,20 м под неговата основа (обр.  VI - 9).  Открити бяха две хоросанови бъркала и две ями за гасене на вар,  свързани най - вероятно със строежа на манастирското крило или основното преустройство на църквата. Тези строителни нива изцяло запечатват изброените по - горе гробове от църковния некропол.
   СЕВЕРОЗАПАДЕН ЪГЪЛ НА МАНАСТИРА.  При сондажите тук установихме,  че долното засводено помещение на т.нар. крипта е било изцяло вкопано в терена,  като прерязва една от металургичните пещи в този сектор (обр.  1-1).  Няколко камъка от нейната суперструкция показват,  че сградата е имала и надземен етаж. Портата на ранно византийското укрепление, намираща се на няколко метра северно от сградата,  със сигурност не е функционирала през времето на съществуването на манастира.  При проведените разкопки в този сектор от А.  Попов бяха открити гробове с монети на цар Тодор Светослав,  които показват възможността да се очертае северната граница на средновековния некропол на църквата „Св.  40 мъченици".
   ПАРАКЛИС.  Редовните и спасителни разкопки,  проведени тук по различно време,  не можаха да откроят с повече сигурност някоя от предложените по време на проучването работни версии²⁷ (обр.  I - 3).  Възможността за цялостно проучване на терена в този участък със сигурност  би разширила този въпрос.  Засга може да се лансира на първо място хипотезата, че става въпрос за жилищно-отбранителна кула,  изградена в югозападния ъгъл на манастира.  Не е изключено да се окаже, че тази сграда е била парараклис с допълнително пристроен екзонартекс (или кула–камбанария).  Посочените наблюдения от проучените сгради от манастирският комплекс , съобразени с изводите за строителната хронология и датировка на стенописите на църквата, позволяват да се направят няколко по-цялостни заключения относно плановата схема и изграждането на   отделните крила, съоражения и дворове на манастира Великата   лавра “Св. 40 мъченици”. ²⁸ По този начин се обособяват със сигурност северният участък с парадния вход на комплекса , от който започва трасето към главния северен вход на църквата (обр. VI). Така се откроява голям северен двор на манастира , полвината от който все още не е проучен (обр. 1 - 2). От изток се намира трапезарията и стопански постройки , а в западното крило се разполага монашеското общежитие. В северозападния ъгъл попада сградата, която неправилно е определена като крипта, и още една недопроучена постройка, които изглежда са свързани с един и същ строителен замисъл (обр. I - 1). Връзката на северния двор с южното крило на манастира се е осъществявала първоначално от запад, пред притвора, а в последствие през северния и южен вход на екзонартекса (обр. II -  5).  Не случайно достъпът към южното крило е бил значително по - ограничен, тъй като най-вероятно в него е резидирал самият игумен. На този етап от разкопките  може да се допусне наличието на втори южен (вътрешен двор),  простращ се до сградата с неустановено предназначение – жилищно–отбранителна кула или параклис(обр. I - 3).